Aldo Bobadilla nació el 20 de abril de 1976 en Pedro Juan Caballero, Paraguay. Luego de jugar en 19 de Marzo se integró a Cerro Porteño, donde debutó en 1997. En el Ciclón obtuvo dos títulos locales (2001 y 2004) y además se ganó un lugar en la Selección paraguaya como arquero suplente.
Tras siete temporadas, Bobadilla pasó a formar parte de Gimnasia y Esgrima La Plata. Aunque era titular permaneció en el Lobo sólo por seis meses, a causa de las amenazas que recibió de barras bravas. De regreso a su país natal, firmó en 2006 con Libertad, donde ganó un campeonato local y volvió a jugar la Copa Libertadores, que sufrió un parate debido al Mundial en Alemania.
A causa de la lesión que sufrió Justo Villar en el debut contra Inglaterra, Bobadilla pudo atajar en todos los encuentros, mostrando un buen rendimiento. No obstante, la Selección Paraguaya quedó eliminada en la primera fase.
En busca de un reemplazante para Roberto Abbondanzieri e impresionado por su nivel tanto en el Mundial como en la Libertadores, Mauricio Macri arregló la llegada del paraguayo a Boca a cambio de 1.200.000 dólares. Bobadilla se mudó nuevamente a Argentina luego de que Libertad eliminara River Plate y avanzara a las semifinales.
El paraguayo inició su ciclo con la camiseta azul y oro con el pie derecho ya que los dirigidos por Alfio Basile derrotaron a San Pablo y obtuvieron la Recopa Sudamericana.
Debido a su exitoso paso como entrenador, Basile fue elegido para el cargo de director técnico de la Selección Argentina y renunció a su puesto en Boca. Ricardo La Volpe lo reemplazó y mantuvo al paraguayo como titular. El Xeneize buscaba conquistar su primer tricampeonato, pero inesperadamente perdió el torneo y La Volpe dejó su cargo.
Miguel Ángel Russo llegó en su lugar y le pidió a la dirigencia otro arquero. Bobadilla no volvió a atajar hasta que, en un encuentro por semifinales de la Copa Libertadores, le tocó reemplazar al lesionado Mauricio Caranta. Boca igualaba 1 a 1 en Cúcuta, pero en la segunda parte los colombianos lo dieron vuelta y se impusieron por 3 a 1. Esos 45 minutos no sólo comprometieron la clasificación a la final, sino marcaron el final del ciclo del uno.
El club de la Ribera le rescindió el contrato y en septiembre de 2007 Bobadilla se incorporó a Independiente de Medellín. Allí repuntó su nivel y tuvo un ciclo destacado. El DIM venía de ser uno de los equipos más goleados y el paraguayo revirtió esta situación.
En 2008 también fue una pieza importante para El Rojo de la Montaña que alcanzó la final del torneo local, aunque cayó frente América de Cali. Sin embargo, la temporada siguiente, en el torneo finalización, el DIM se impuso contra Atlético Huila y pudo coronarse campeón.
Bobadilla, que ya se había convertido en ídolo y venía de ser suplente en el Mundial de Sudáfrica, fue transferido a Corinthians de Brasil a mediados de 2010. El Timao lo trajo para reemplazar a Felipe, pero un cambio de entrenador y el buen rendimiento del juvenil Julio César lo marginaron.
En diciembre de ese año le rescindieron el contrato y Bobadilla retornó nuevamente a su país de origen, esta vez para defender los colores de Olimpia. No obstante, unos problemas con el presidente del club, Marcelo Recanate, lo obligaron a presentar su renuncia.
Después de esto, el paraguayo decidió ponerle punto final a su carrera. Actualmente se desempeña como entrenador y su última experiencia fue en el Sportivo San Lorenzo.
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